कार्बनिक या जैव जीवाणु जीवाणुनाशक हैं जो गैर-अकार्बनिक स्रोतों जैसे पौधे की उत्पत्ति या पशु मूल से हैं या जीव हो सकते हैं। कवक और बैक्टीरिया जैसे कई हाइपर परजीवी कार्बनिक या जैव जीवाणुनाशक के रूप में उपयोग किए जाते हैं। कुछ परिवारों के बैक्टीरिया और कवक कई फसलों के साथ-साथ मिट्टी में पौधों के रोगजनक बैक्टीरिया को मारने के लिए जाने जाते हैं। इन्हें बैक्टीरियल बीमारियों को नियंत्रित करने के लिए बायोलॉजिकल एजेंट भी कहा जाता है। ये बैक्टीरिया या कवक सीधे रोगजनक रोग को मार सकते हैं जिससे बैक्टीरिया और कवक हो सकते हैं, भोजन और स्थान के रहने के लिए संघर्ष, रोगजनक कवक या बैक्टीरिया को मारने के लिए विषाक्त पदार्थों को छोड़ सकते हैं।